Cieľom je to, aby na predmetoch alebo v prostredí neboli mikróby, ktoré spôsobujú rôzne infekčné ochorenia (salmonelóza, dyzentéria, leptospiróza). Vykonáva sa v miestach so zvýšenými nárokmi na čistotu z dôvodu minimalizácie alebo zamedzenia výskytu infekcií (nemocnice, výroba potravín a liečiv).
Dezinfekciu môžme tiež definovať ako čistenie predmetu od niektorých alebo všetkých patogénnych organizmov, ktoré môžu spôsobiť infekciu.